在生产制造型的企业中，MES系统又叫制造执行系统，是位于计划层和生产控制层之间的执行层，主要负责信息的传递，生产管理和调度的执行。对企业所有的资源经行统一的管控。如物料、机器设备、人员等经行合理的分配，达到资源的利用最大化。
而流程CIMS中，MES软件系统的功能主要包括物料管理、资源管理、作业/订单管理、质量管理、操作管理及行业法规管理等。它在以下三方面具有区别于离散制造系统中MES的特点：
一、流程工业生产环境苛刻，生产过程包含复杂的物理、化学过程，及各种突变和不确定性因素。特别是启动、停机和应急处理等暂态过程的各项操作，不仅影响生产效率，而且存在着安全隐患。因此，操作管理是流程CIMS中MES的一项重要任务。它负责监督在所执行的每一项操作中遵守操作步骤和规范，在连续、混合及间歇生产环境下为操作员提供流程启动、平稳运行及停机等过程的标准操作指令。
二、流程工业中MES的决策具有混杂性，不仅包括连续过程变量，而且包含离散过程变量。 为了对生产过程及产品质量进行控制，必须建立反映连续过程主要物理、化学变化过程的过程模拟模型，并将过程模型与优化模型结合起来。
三、流程工业CIMS不仅要集成信息流和物料流，还包括能源供应流。因此，流程CIMS中MES的调度决策功能需要对物料和能量提供最佳控制策略，同时决策不仅以提高生产效率和降低生产成本为目标，还应将节省能源、减少污染等目标考虑在内。
总结：
MES通常是一个很大的整体软件系统，其定制和维护的成本很高。随着计算机支撑技术的发展，开发更加模块化、更具柔性的MES系统成为可能，实施和维护MES的成本大大降低。因此，MES作为流程CIMS的核心，在石油、化工、制药及制浆造纸等流程工业的综合自动化进程中有好的应用前景。
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